民國87年8月成立籌備處。

民國88年7月 正式成立「省立苗栗特殊教育學校」，借用苗栗縣身心障礙發展中心上課，羅慶男先生擔任首任校長。

民國88年9月 設置綜合職能科，首屆新生入學開學，校銜揭牌典禮。

民國89年2月 改名「國立苗栗特殊教育學校」。

民國92年8月 廖連喜先生接任第二、三任任校長。

民國99年8月 劉福鎔先生接任第四、五任校長。

民國105年8月 馬心正先生接任第六任校長。

民國109年8月 周敦懿女士接任第七任校長。